От 1993г. до 1995г. президент е Томас Лафчис, от 1995г. до 1996 г. – Запрян Запрянов (президент на „Марица” – Пловдив), от 1996г. до 2010г. – Валентин Михов, от 2010г. – досега – Стефан Капралов, бивш изпълнителен директор на БФС.
Основната цел на БПФЛ е хармонизиране структурата на българския футбол по европейски модел.
БПФЛ е сдружение, в което членуват български футболни клубове от „А” и двете „Б” групи – общо 39 на брой.