Тя е независим държавен орган, грижещ се за отчетността и прозрачността на учебната и изследователската дейност на автономните институции на висшето образование.
НАОА играе водеща роля в повишаването на качеството на висшето образование в страната. Агенцията периодично организира оценяване и акредитация на висшите учебни заведения, като спазва стриктно независимостта и прозрачността на нужните процедури и компетентността на експертите, които вземат участие.